Quest’oggi vorrei parlare di un particolare progetto OpenSource che si prefigge l’obiettivo di far provare alla comunità scientifica che ruota attorno al mondo della biologia molecolare, bio-tecnologia e bio-informatica in generale.
Questo mondo è circondato da una pletora di software per le principali piattaforme oggi in commercio, suddiviso poi in un universo di licenze, repository e pacchettizazioni.
Il progetto Bio-Linux nasce da una divisione del NERC (National Environment Research Council) nel Regno Unito che si occupa della materia in oggetto.
L’NEBC ha coraggiosamente preso in mano questo insieme variegato e disperso di software per la bioinfomatica e l’ha raccolto in un unico repository e poi è andato oltre, creando una distribuzione GNU/Linux a tutti gli effetti, basandosi sul “core” di Ubuntu (scelto nella sua versione 8.04 con supporto a lungo termine).
Bio-Linux 5, oggi è:
- un sistema operativo su LiveCD
- un sistema operativo installabile
- un repository di software bioinformatico per Ubuntu
tutto pienamente supportato e con prospettive di esserlo ancora a lungo.
Personalmente ho avuto modo di apprezzare questa distribuzione in tutti i flavour elencati e di vederla anche in azione come macchina virtuale grazie all’appliance per VMWare.
Se possiedi già un sistema Ubuntu 8.04 installato ed in produzione seguendo queste istruzioni potrai installare il software fornito da NEBC senza problemi.
Come detto nelle stesse i test con la release più recente della distribuzione “umana” sono cominciati ma per un paio di pacchetti sussistono delle incompatibilità .
A mio avviso questo non è un problema Perché – in ogni caso – sul lavoro preferisco usare distribuzioni testate e non “all’ultimo grido”, specie quando l’utente finale è una persona che non deve far funzionare il computer, ma semplicemente utilizzarlo per il suo lavoro e ambito lavorativo.
Come nota personale mi spiace solo rilevare che, essendo un progetto di un Ente di ricerca se e quando finiranno i soldi si andrà a perdere questo patrimonio di conoscenze, un po’ come per un altro Biolinux, orientato al mondo RPM e “morto” nel 2007 e con Fedora6 e RedHat 9 … capisco però le difficoltà di creare ed esser parte di un “intangibile” gruppo bioinformatico per una distribuzione allorquando si devono giustificare i soldi spesi e mostrare come l’investimento ricevuto sia tornato direttamente sul beneficiante.
Qualcuno ha esperienze simili o assimilabili da condividere ?
Mi chiedevo se esistesse qualcosa per GNU/Linux per il nostro campo.
Finora ho visto solo Win e sopratutto Mac (il palazzo di Biologia al Campus di Bari usa praticamente solo Mac).
Fa piacere che esistano alternative, sperando però che queste siano altrettanto valide quanto le controparti.
Mi chiedevo se esistesse qualcosa per GNU/Linux per il nostro campo.
Finora ho visto solo Win e sopratutto Mac (il palazzo di Biologia al Campus di Bari usa praticamente solo Mac).
Fa piacere che esistano alternative, sperando però che queste siano altrettanto valide quanto le controparti.
Allora ti farà piacere che presto ci sarà un’aula con almeno 22 iMac per gli studenti e non ricordo che tipo di server per la parte di calcolo “extra” 😀
Effettivamente il mondo Mac offre, per la biologia sopratutto, un elevatissimo numero di applicazioni sia a pagamento che non, ed i secondi sono pure integrati da progetti come MacForge e similari.
In ogni caso anche Bio-Linux va integrata di software e software, ma è una valida base di partenza per fare un po’ di analisi …
Allora ti farà piacere che presto ci sarà un’aula con almeno 22 iMac per gli studenti e non ricordo che tipo di server per la parte di calcolo “extra” 😀
Effettivamente il mondo Mac offre, per la biologia sopratutto, un elevatissimo numero di applicazioni sia a pagamento che non, ed i secondi sono pure integrati da progetti come MacForge e similari.
In ogni caso anche Bio-Linux va integrata di software e software, ma è una valida base di partenza per fare un po’ di analisi …
Ma l’aula da 22 Mac sarà a Biologia o a Biotecnologie?
Ti prego dimmi che sarà nella mia facoltà (Biotecnologie)! 😀
devo chiedere meglio 😀
Ma l’aula da 22 Mac sarà a Biologia o a Biotecnologie?
Ti prego dimmi che sarà nella mia facoltà (Biotecnologie)! 😀
devo chiedere meglio 😀
se mi dici che sarà a biotecnologie ti devo costringere ad inserire l’emoticon che sbava xD
se mi dici che sarà a biotecnologie ti devo costringere ad inserire l’emoticon che sbava xD
da fonti non ufficiali, pare che saranno proprio alla mia facolta!
iuuuuuuuuu! 🙂
da fonti non ufficiali, pare che saranno proprio alla mia facolta!
iuuuuuuuuu! 🙂