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È stato appena pubblicato l’articolo che ha visto coinvolti i miei colleghi bioinformatici dell’Istituto di Tecnologie Biomediche di Bari, assieme ad altri colleghi, nello sviluppo e deploy di questo nuovo webservice sulle pagine di Nucleic Acids Research.
Anche in questo caso sono stato di supporto tecnico ai colleghi, che mi hanno attestato la loro stima ponendomi nei ringraziamenti del lavoro.
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Riferimento bibliografico: doi 10.1093/nar/gkaa363
Mi ha molto colpito la notizia della pubblicazione del lavoro scientifico “Deriving genomic diagnoses without revealing patient genomes” sulle pagine di Science – riportata poi dal magazine generalista Engadget – dove un gruppo di ricercatori di Stanford (USA) si è posto il problema di tutelare la riservatezza del dato genomico dei pazienti relativi ad uno specifico studio medico / scientifico.
Uno dei problemi principali della bioinformatica, oggi, è la gestione dell’enorme quantità di dati disponibili in termini di volume, assieme alla difficoltà di approvvigionamento di dati clinici nei casi in cui si vada a studiare qualcosa afferente la sfera umana. Pazienti e volontari (tipicamente persone sane che sono usate come ‘controllo’ nell’esperimento) donano infatti il proprio materiale genetico, e hanno diritto alla riservatezza di questo patrimonio informativo e alla sua tutela.
Continua a leggereAlla fine di Agosto 2018 è stato pubblicato l’articolo sul lavoro più recente dei miei colleghi coordinati dall’amica e collega Maria Liguori … ancora una volta lavorando con lei al progetto è stato riconosciuto il mio (piccolo) contributo con una menzione all’interno della sezione Ringraziamenti del lavoro. Per me è sempre un onore e le sono molto grato …
Riferimenti bibliografici: doi 10.3389/fnmol.2018.00288
Giovedì 1° Febbraio 2018 marca l’inizio del mio ‘nuovo’ lavoro… Dopo 130 mesi di lavoro a tempo determinato, precario, ed un concorso ho finalmente preso servizio come Collaboratore Tecnico per Enti di Ricerca (CTER) presso l’unità di Bari dell’Istituto di Tecnologie Biomediche.
Faccio parte del gruppo che si occupa di Bioinformatica (tra l’altro uno dei primi ad occuparsene qui in Italia) e le mie mansioni saranno quelle di sempre: mantere in funzione i server, installare tool e banche dati bioinformatiche, manutenzione generale e supporto all’utenza. Quello che spero è di ottenere nuove responsabilità e – assieme ad esse – un nuovo potere decisionale nelle aree di mie competenza!
Mi auguri buona fortuna ?
È stata appena ufficializzata la pubblicazione dell’ultimo lavoro dei miei colleghi “informatici” qui alla sede di Bari dell’Istituto di Tecnologie Biomediche. Questo prodotto software si occupa dell’analisi dati dell’espressione genica dei procarioti ed è stato battezzato WoPPER.
Quest’articolo vede anche la prima menzione ufficiale del mio lavoro da collaboratore tecnico, qui come amministratore dei sistemi informatici che ne permettono il funzionamento.
Riferimenti bibliografici: doi 10.1093/nar/gkx329
Inaspettatamente, sulla mia scrivania stamattina (ed ora in fase di studio).
… “ovviamente” la guida è in lingua inglese!
Centro de Investigación PrÃncipe Felipe (CIPF) – http://www.cipf.es
In queste due settimane un amico mi ha prestato, come pegno di un suo ‘debito’, il suo vecchio MacPro per un paio di settimane per fare qualche test casalinguo.
Ho subito colto la palla al balzo per provare Lion.
Ovviamente l’amico ha subito approfittato della mia presenza per richiedere l’installazione di alcuni applicativi che usa anche al lavoro tra cui io Bio-Perl di cui al titolo.
Welcome to BioPerl, a community effort to produce Perl code which is useful in biology.
La via ‘consigliata’ per l’installazione su piattaforma OS X è quella di utilizzare gli strumenti offerti da Fink.
Il progetto Fink vuole portare il mondo del software Unix Open Source su Darwin e Mac OS X. Noi modifichiamo software Unix in modo che si compili e che funzioni su Mac OS X (questa procedura è chiamata “port”)e lo rendiamo disponibile per aggiornamenti. Fink usa gli strumenti Debian come dpkg e apt-get per avere una potente gestione dei pacchetti binari.
Purtroppo però il progetto ha perso lo slancio iniziale che lo aveva caratterizzato e, nonostante gli sforzi di aggiornamento della piattaforma per i recenti sistemi operativi Apple, la comunità periferica dei suoi contributor si è un po’ allontanata. Di fatto parecchi pacchetti software non sono stati più aggiornati alle nuove versioni. Ovviamente – data questa lunga premessa – BioPerl è tra questi.
Una via alternativa sarebbe stata quella di provare l’installazione mediante una formula di Homebrew, un progetto analogo negli intenti a Fink, ma leggermente più agile e sopratutto in fase di piena crescita. Purtroppo però, non essendo una macchina ‘mia’ non me la son sentita di provare l’installazione di un pacchetto che può modificare in maniera massicca la base d’installato di script e moduli Perl nel sistema e quindi ho scelto la 3^ via.
Ho scelto l’installazione da linea di comando, utilizzando CPAN.
Ho voluto che l’installazione fosse fatta a livello globale, quindi ho utilizzato privilegi amministrativi nell’installazione:
perl -MCPAN -e shell
questo mi ha portato a
cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v1.9456)
Enter 'h' for help.
cpan[1]> d /bioperl/
Distribution BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-Run-1.006900.tar.gz
Distribution CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
5 items found
e quindi
cpan[2]> install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz
Da questo punto in poi ho seguito le impostazioni di default suggerite dalla piattaforma/script di installazione e tutto è andato per il meglio. 🙂
Buon lavoro !
Quest’oggi vorrei parlare di un particolare progetto OpenSource che si prefigge l’obiettivo di far provare alla comunità scientifica che ruota attorno al mondo della biologia molecolare, bio-tecnologia e bio-informatica in generale.
Questo mondo è circondato da una pletora di software per le principali piattaforme oggi in commercio, suddiviso poi in un universo di licenze, repository e pacchettizazioni.
Il progetto Bio-Linux nasce da una divisione del NERC (National Environment Research Council) nel Regno Unito che si occupa della materia in oggetto.
L’NEBC ha coraggiosamente preso in mano questo insieme variegato e disperso di software per la bioinfomatica e l’ha raccolto in un unico repository e poi è andato oltre, creando una distribuzione GNU/Linux a tutti gli effetti, basandosi sul “core” di Ubuntu (scelto nella sua versione 8.04 con supporto a lungo termine).
Bio-Linux 5, oggi è:
tutto pienamente supportato e con prospettive di esserlo ancora a lungo.
Personalmente ho avuto modo di apprezzare questa distribuzione in tutti i flavour elencati e di vederla anche in azione come macchina virtuale grazie all’appliance per VMWare.
Se possiedi già un sistema Ubuntu 8.04 installato ed in produzione seguendo queste istruzioni potrai installare il software fornito da NEBC senza problemi.
Come detto nelle stesse i test con la release più recente della distribuzione “umana” sono cominciati ma per un paio di pacchetti sussistono delle incompatibilità .
A mio avviso questo non è un problema Perché – in ogni caso – sul lavoro preferisco usare distribuzioni testate e non “all’ultimo grido”, specie quando l’utente finale è una persona che non deve far funzionare il computer, ma semplicemente utilizzarlo per il suo lavoro e ambito lavorativo.
Come nota personale mi spiace solo rilevare che, essendo un progetto di un Ente di ricerca se e quando finiranno i soldi si andrà a perdere questo patrimonio di conoscenze, un po’ come per un altro Biolinux, orientato al mondo RPM e “morto” nel 2007 e con Fedora6 e RedHat 9 … capisco però le difficoltà di creare ed esser parte di un “intangibile” gruppo bioinformatico per una distribuzione allorquando si devono giustificare i soldi spesi e mostrare come l’investimento ricevuto sia tornato direttamente sul beneficiante.
Qualcuno ha esperienze simili o assimilabili da condividere ?
