Letture suggerite del 14 marzo 2021

We asked five menstruation apps for our data and here is what we found… — "We asked five menstruation apps to give us access to our data. We got a dizzying dive into the most intimate information about us”;
Scientists Write ‘Hello World’ in Bacterial DNA With Electricity and CRISPR
How SEO Is Gentrifying the Internet
Here’s a Way to Learn if Facial Recognition Systems Used Your Photos — An online tool targets only a small slice of what’s out there, but may open some eyes to how widely artificial intelligence research fed on personal images;
Why you should care about data privacy even if you have “nothing to hide” — Yes, your data is used to sell you shoes. But it also may be used to sell you an ideology.

Oggi pubblico con un po’ di ritardo, ma mi perdonerete … in vista delle prossime settimane di arresto domiciliare senza aver commesso reato, ho preferito concedermi una passeggiata all’aperto con la famiglia.

Come volano cinque differenti creature

How 5 Different Creatures Flap Their Wings → è una emozionante infografica realizzata da Eleanor Lutz, giovanissima designer statunitense con una laurea in biologia molecolare, che spesso si dedica alla creazione di rappresentazioni grafiche che spieghino e riassumano dettagli di biologia e comportamenti umani e non.

Questo suo lavoro che ripropongo nel mio post è quello che è venuto fuori dal suo studio di video in slow motion di cinque specie diverse di animali volanti, decostruendo il loro movimento alare e ricostruendolo secondo una precisa gerarchia grafica, detto diversamente i colori adottati nel “solido immaginario” descritto dalle ali non sono affatto casuali ma corrispondono ad una forza e velocità ben precise. Personalmente ne sono rimasto affascinato.

Incuriosito, poi, sono andato a visitare il suo sito http://tabletopwhale.com, che si è rivelata una vera miniera… bravissima!

della differenza tra Uomo e Donna

I ricercatori mostrano come il cervello di uomini e donne lavori in maniera completamente diversa, via BBC News – Health: Men and women’s brains are ‘wired differently’.

installare Bio-Perl su Mac OS X (10.7 Lion)

In queste due settimane un amico mi ha prestato, come pegno di un suo ‘debito’, il suo vecchio MacPro per un paio di settimane per fare qualche test casalinguo.

Ho subito colto la palla al balzo per provare Lion.

Ovviamente l’amico ha subito approfittato della mia presenza per richiedere l’installazione di alcuni applicativi che usa anche al lavoro tra cui io Bio-Perl di cui al titolo.

Welcome to BioPerl, a community effort to produce Perl code which is useful in biology.

La via ‘consigliata’ per l’installazione su piattaforma OS X è quella di utilizzare gli strumenti offerti da Fink.

Il progetto Fink vuole portare il mondo del software Unix Open Source su Darwin e Mac OS X. Noi modifichiamo software Unix in modo che si compili e che funzioni su Mac OS X (questa procedura è chiamata “port”)e lo rendiamo disponibile per aggiornamenti. Fink usa gli strumenti Debian come dpkg e apt-get per avere una potente gestione dei pacchetti binari.

Purtroppo però il progetto ha perso lo slancio iniziale che lo aveva caratterizzato e, nonostante gli sforzi di aggiornamento della piattaforma per i recenti sistemi operativi Apple, la comunità periferica dei suoi contributor si è un po’ allontanata. Di fatto parecchi pacchetti software non sono stati più aggiornati alle nuove versioni. Ovviamente – data questa lunga premessa – BioPerl è tra questi.

Una via alternativa sarebbe stata quella di provare l’installazione mediante una formula di Homebrew, un progetto analogo negli intenti a Fink, ma leggermente più agile e sopratutto in fase di piena crescita. Purtroppo però, non essendo una macchina ‘mia’ non me la son sentita di provare l’installazione di un pacchetto che può modificare in maniera massicca la base d’installato di script e moduli Perl nel sistema e quindi ho scelto la 3^ via.

Ho scelto l’installazione da linea di comando, utilizzando CPAN.

Ho voluto che l’installazione fosse fatta a livello globale, quindi ho utilizzato privilegi amministrativi nell’installazione:

perl -MCPAN -e shell

questo mi ha portato a

cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v1.9456) Enter 'h' for help.


cpan[1]> d /bioperl/

Distribution    BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz

Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz

Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz

Distribution    CJFIELDS/BioPerl-Run-1.006900.tar.gz

Distribution    CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz

5 items found

e quindi

cpan[2]> install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz

Da questo punto in poi ho seguito le impostazioni di default suggerite dalla piattaforma/script di installazione e tutto è andato per il meglio. 🙂

Buon lavoro !