repository
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ftp.ba.itb.cnr.it
I’m pleased to report that our public FTP service available at ftp.ba.itb.cnr.it is now working again at full speed.
This service provided also the download functionality for our UTRdb website.
ftp.ba.itb.cnr.it
There was a misconfiguration that slowed too much the service answering time and the download speed. Sorry for that.
Ubuntu e bio-informatica
Quest’oggi vorrei parlare di un particolare progetto OpenSource che si prefigge l’obiettivo di far provare alla comunità scientifica che ruota attorno al mondo della biologia molecolare, bio-tecnologia e bio-informatica in generale.
Questo mondo è circondato da una pletora di software per le principali piattaforme oggi in commercio, suddiviso poi in un universo di licenze, repository e pacchettizazioni.
Il progetto Bio-Linux nasce da una divisione del NERC (National Environment Research Council) nel Regno Unito che si occupa della materia in oggetto.
L’NEBC ha coraggiosamente preso in mano questo insieme variegato e disperso di software per la bioinfomatica e l’ha raccolto in un unico repository e poi è andato oltre, creando una distribuzione GNU/Linux a tutti gli effetti, basandosi sul “core” di Ubuntu (scelto nella sua versione 8.04 con supporto a lungo termine).
Bio-Linux 5, oggi è:
- un sistema operativo su LiveCD
- un sistema operativo installabile
- un repository di software bioinformatico per Ubuntu
tutto pienamente supportato e con prospettive di esserlo ancora a lungo.
Personalmente ho avuto modo di apprezzare questa distribuzione in tutti i flavour elencati e di vederla anche in azione come macchina virtuale grazie all’appliance per VMWare.
Se possiedi già un sistema Ubuntu 8.04 installato ed in produzione seguendo queste istruzioni potrai installare il software fornito da NEBC senza problemi.
Come detto nelle stesse i test con la release più recente della distribuzione “umana” sono cominciati ma per un paio di pacchetti sussistono delle incompatibilità .
A mio avviso questo non è un problema Perché – in ogni caso – sul lavoro preferisco usare distribuzioni testate e non “all’ultimo grido”, specie quando l’utente finale è una persona che non deve far funzionare il computer, ma semplicemente utilizzarlo per il suo lavoro e ambito lavorativo.
Come nota personale mi spiace solo rilevare che, essendo un progetto di un Ente di ricerca se e quando finiranno i soldi si andrà a perdere questo patrimonio di conoscenze, un po’ come per un altro Biolinux, orientato al mondo RPM e “morto” nel 2007 e con Fedora6 e RedHat 9 … capisco però le difficoltà di creare ed esser parte di un “intangibile” gruppo bioinformatico per una distribuzione allorquando si devono giustificare i soldi spesi e mostrare come l’investimento ricevuto sia tornato direttamente sul beneficiante.
Qualcuno ha esperienze simili o assimilabili da condividere ?
come installare R su CentOS
Argomento poco natalizio quest’oggi dove vado a postare un piccolo “how-to” per installare la suite di calcolo statistico (open source) e i suoi strumenti di sviluppo R.
La distribuzione CentOS non prevede nei suoi repository ufficiali alcuna build di questo progetto che, fortunatamente, fornisce invece i pacchetti per le più diffuse piattaforme GNU/Linux (e Windows e Mac OS X) all’interno dei suoi mirror.
Sono presenti gli rpm binari dei pacchetti, ma vista la disponibilità di medatati yum (la directory repodata) è possibile creare un file .repo per un uso più snello e integrato con il package manager di sistema YUM.
Questo che segue è il file che mi sono creato:
[R - Project for Statistical Computing]
name=R repository
baseurl=http://rm.mirror.garr.it/mirrors/CRAN/bin/linux/redhat/el5/i386
failovermethod=priority
enabled=1
gpgcheck=0
priority=15
Una nota sul gpgcheck=0 che ho messo in quanto i pacchetti non sono firmati (o almeno io non sono riuscito a trovarla) e sul priority=15 dovuti all’uso del tool yum-priorities.
Se avete suggerimenti o migliorie da apportare i commenti al post son qui per questo !
CentOS, problemi con yum
Piccolo post del tipo “promemoria”.
Al lavoro abbiamo un piccolo numero di macchine oramai obsolete. Grossomodo appartengono tutte ad una serie di pc “da ufficio” della Fujitsu-Siemens che da Windows 2000 o XP (prima release) sono state utilizzate negli ultimi anni sino allo stremo. Vista la loro lentezza e inadeguadezza in termini di spazio disco e dotazione RAM sono state lasciate agli studenti che fanno “internato” presso il nostro Istituto permettendogli così di eseguire ricerche su web e documentarsi durante la loro presenza in vista della conclusione del tirocinio o della stesura della laurea.
Su questo tipo di macchine stiamo installando Ubuntu o CentOS per renderle un attimo più performanti (o per ovviare alla perdita dei cd col sistema operativo originario) e proprio oggi, andando ad aggiornare una CentOS con un classico yum check-update mi sono scontrato con un errore inusuale, che richiamava quanto riportato nell’esempio seguente:
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ? yummain.main(sys.argv[1:])
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 105, in main result, resultmsgs = base.doCommands()
File "/usr/share/yum-cli/cli.py", line 289, in doCommands self._getTs()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 85, in _getTs
self._getTsInfo()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 91, in _getTsInfo
self._tsInfo.setDatabases(self.rpmdb, self.pkgSack)
Dopo una ricerca nell’archivio (locale) della mailing list di supporto di CentOS ho scoperto che questa tipologia di errore vien fuori quando ci si trova ad operare dietro particolari configurazioni di server Proxy, oppure (con maggior frequenza) quando si utilizzano repository software aggiuntivi di terze parti in aggiunta a quelli supportati ufficialmente e questi, per un motivo o l’altro, aggiornano la versione di yum installata (e qualche altra dipendenza, o plugin) sul sistema.
Preso dal dubbio ho subito impartito un
rpm -q yum
per veficare lo stato del pacchetto sulla mia macchina e ho constatato che non era la versione base della mia CentOS e neanche dell’ultimo aggiornamento disponibile.
Ho quindi provveduto a scaricare e installare manualmente i seguesti pacchetti:
- yum-3.2.8-9.el5.centos.2.1.noarch.rpm
- yum-fastestmirror-1.1.10-9.el5.centos.noarch.rpm
- yum-refresh-updatesd-1.1.10-9.el5.centos.noarch.rpm
- yum-updatesd-0.9-2.el5.noarch.rpm
Fatto questo una rapida sequenza di yum clean all seguita dai canonici yum check-update e yum update mi ha permesso di tornare in possesso di un sistema (nuovamente) al pieno delle sue funzionalità .
Buon lavoro !
installare Skype su Linux con i repository ufficiali
Sapevi che per aiutare i propri utenti il team si Skype ha approntato oltre ai pacchetti specifici per le principali distribuzioni due repository per quelle basata su *.deb e *.rpm ?
Io, da pigro qual sono, l’ ho appreso oggi cercando di installare Skype sulla mia CentOS 5 sul pc del lavoro.
Questa è la pagina ufficiale dove tale disponibilità è annunciata e viene spiegato il tutto come funziona.
In primis esaminiamo il caso di una distribuzione “debian-based”, non avremo che da aggiungere la riga:
deb http://download.Skype.com/linux/repos/debian/ stable non-free
nel nostro file /etc/apt/sources.list.
In caso di utilizzo di una distribuzione RPM-based, se viene supportato l’utilizzo di YUM, dovremo creare una nuova entry Skype.repo nella directory /etc/yum.repos.d/ contenente quanto segue:
[Skype]
name=Skype Repository
baseurl=http://download.Skype.com/linux/repos/fedora/updates/i586/
gpgkey=http://www.Skype.com/products/Skype/linux/rpm-public-key.asc
A questo punto, dopo aver aggiornato la lista dei pacchetti disponibili per la nostra distribuzione non ci resterà che installare il pacchetto (e le sue dipendenze) attraverso i canonici apt-get install Skype o yum install Skype a seconda del caso 😉
ubuntu source-o-matic
Qualche giorno fa, navigando nei preferiti di un mio amico sul network di social bookmarking ma.gnolia ho scoperto l’esistenza del comodissimo Ubuntu sources.list generator.
La pagina in oggetto e’ raggiungibile a questo indirizzo: http://www.ubuntulinux.nl/source-o-matic.
Il generatore funziona essenzialmente come Easy-URPMI, la pagina web attraverso la quale configurare il gestore di pacchetti di Mandriva Linux (urpmi appunto).
Semplicemente scelgo la release di Ubuntu che voglio configurare, l’architettura hardware di riferimento (i386, ppc, amd64) e quindi decido se voglio usare solo i pacchetti precompilati o anche i sorgenti, ed ancora se i pacchetti forniti ufficialmente da Ubuntu stessa mi bastano o se voglio usare anche quelli forniti dalla comunita’ (i famigerati main, universe e multiverse).
Finalmente posso confermare le mie scelte e ottenere il contenuto del file sources.list ottimale.
Una delle cose piu’ carine da configurare e’ l’area geografica in cui ci si trova attraverso la dichiarazione fatta all’ inizio della pagina con il codice che denota la nostra nazione di provenienza (IT per l’ Italia). In questo modo il generatore scegliera’ il mirror piu’ vicino a noi tra quelli disponibili, di fatto una versione statica/semplificata di quello che fa il selettore di repository integrato in yum della CentOS.
ubuntu, sources.list, generatorbreak my Mandriva
L’ insoddisfazione regna sovrana. Il tempo metereologico fa schifo (ma quanti giorni di seguito puo’ piovere ?) e quindi ho deciso di provare la Mandriva 2006.
Il processo di installazione non e’ stato esente da problemi (quando gli ho chiesto di configurarmi la scheda wireless – una comune intel2100 – ho assistito ad un bel crash, fortuna che aveva installato GRUB e quindi il sistema Linux e’ partito tranquillamente) o fastidi inspiegabili (la wireless non andava, dopo un paio di reboot senza alcuna mia modifica ha ripreso ad andare…) ma l’ importante e’ che ne sono venuto a capo 🙂
Avevo trovato – preventivamente – un repository per KDE 3.5 + Gnome 2.12 + E-17 + XFCE 4.2 + X-Chat dedicato a Mandriva (veramente l’ ha trovato Google) e quindi ho deciso di testarli tutti assieme.
Nell’ immagine che segue c’e’ un risultato parziale visibile:
Il processo e’ andato a buon fine senza particolari problemi e senza dover rimuovere tutto kde, come consigliato nelle FAQ, ma solo kdevelop – occhio, a me il sistema era fresco di installazione. Ovviamene ho personalizzato l’ ambiente di lavoro ed ora sto installando Gnome 2.12 (che ha avuto un problema con l’effettivo indirizzo dei pacchetti) e metto su anche Enlightment ed Xfce nuovi …. l’ x-chat nello screenshot e’ il 2.6.0…..
Ricapitolando:
urpmi che smart;http://www.seerofsouls.com/Gnome-2.12/init 3] ed ho quindi eseguito:urpmi.update -aurpmi --auto --auto-select, eventualmente con l’opzione --keep se volete andare sul sicuroEnjoy !!!